La Isla San Lucas es una isla continental ubicada en el Golfo de Nicoya de Costa Rica. Tiene una extensión de 472 ha; cuya altura oscila entre los 0 y 220 metros sobre el nivel del mar, y se ubica en la zona de vida bosque seco tropical.
La precipitación media anual registrada en Puntarenas es de 1596 mm; y el Refugio está ubicado en una región que tiene dos estaciones climáticas distintas: la estación seca de diciembre a abril y la estación lluviosa de mayo a noviembre. La temperatura media oscila entre 25 a 30 grados, la alta entre 30 a 35 grados mientras que la baja entre 20 a 25 grados.
Según la división político-administrativa del país, el Parque Nacional Isla San Lucas se encuentra ubicado en el Cantón Central de la Provincia de Puntarenas.
